Fsl brain extraction

For more detail on BET and an updated journal reference, see the BET research web page. 2012) without bias correction (method 1) and with (method 2) a multi-atlas approach, called multi-atlas label fusion with the malf command (method 3). The primary purpose is to improve the brain extraction when the input data contains a lot of non-brain matter - most likely when there is a lot of neck included in the input image.

It can also estimate the inner and outer skull surfaces, and outer scalp surface, if you have good quality Tand Tinput images. It can also estimate the external skull surface. BET (Brain Extraction Tool) deletes non-brain tissue from an image of the whole head.

By iterating in this way the centre-of-gravity should move up each time towards the true centre, resulting in a better final estimate.

The different BET programs are: Bet - BET GUI. the brain extraction tool (BET) (Smith 2002) in FSL (Jenkinson et al. A brief overview of the FSL interface, including how to call tools from the command line and how to run a simple brain extraction analysis. If you use BET in your research, please quot the journal reference listed there. BET - Brain Extraction Tool - VL-e BET (Brain Extraction Tool) deletes non-brain tissue from an image of the whole head.
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